Zgromadzenie Związku jest organem stanowiącym i kontrolnym Metropolitalnego Związku Komunikacyjnego Zatoki Gdańskiej. W skład Zgromadzenia wchodzą prezydenci, burmistrzowie i wójtowie gmin – jako ustawowi przedstawiciele członków Związku oraz dodatkowi reprezentanci gmin, których wielkość reprezentacji zależna jest od liczby mieszkańców danej gminy. Dodatkowych członków Zgromadzenia reprezentujących członków Związku w Zgromadzeniu wybiera rada danej gminy.

Zgromadzenie, w ustalonym przez siebie trybie, wybiera Przewodniczącego Zgromadzenia. Kadencja Przewodniczącego trwa jeden rok. Przewodniczącym Zgromadzenia jest w każdym roku członek Zgromadzenia innej gminy członka Związku. W pierwszym roku Zgromadzeniu przewodniczy członek Zgromadzenia reprezentujący Miasto Gdańsk, a w pozostałych latach członkowie Zgromadzenia reprezentujący członków Związku.

W uzasadnionych przypadkach Przewodniczący Zgromadzenia może powierzyć prowadzenie posiedzenia innemu członkowi Zgromadzenia.

Zgromadzenie obraduje na posiedzeniach zwoływanych przez Przewodniczącego Zgromadzenia w miarę potrzeb, jednak nie rzadziej niż raz na kwartał. O posiedzeniach członków Zgromadzenia reprezentujących członków Związku zawiadamia się listem poleconym z wyprzedzeniem nie krótszym niż 14 dni. Na wniosek Zarządu lub, co najmniej 1/3 statutowego składu Zgromadzenia, Przewodniczący Zgromadzenia zobowiązany jest zwołać posiedzenie w ciągu 7 dni od daty złożenia wniosku. Do wyłącznych kompetencji Zgromadzenia należy:

1. Podejmowanie uchwał w sprawach dotyczących członkostwa w Związku.
2. Wnioskowanie do rad gmin o przyjęcie zmiany statutu Związku,
3. Powoływanie i odwoływanie Przewodniczącego Zarządu oraz powołanie i odwołanie, na wniosek Przewodniczącego Zarządu, pozostałych członków Zarządu oraz kontrolowanie i nadzorowanie ich działalności.
4. Powoływanie i odwoływanie, na wniosek Przewodniczącego Zarządu, głównego księgowego Związku,
5. Określanie warunków płacowych członków Zarządu.
6. Przyjmowanie sprawozdań z działalności Zarządu.
7. Uchwalanie planów finansowych Związku, ocena ich wykonania oraz udzielania z tego tytułu absolutorium Zarządowi,
8. Uchwalanie cen i taryf dotyczących biletów metropolitalnych,
9. Wdrożenie zintegrowanego systemu pobierania opłat, w zakresie określonym w §7 ust. 2 pkt 1 Statutu Metropolitalnego Związku Komunikacyjnego Zatoki Gdańskiej,
10. podejmowanie uchwał w sprawach zasad zarządzania majątkiem Związku, a w tym:
    a) ustalanie zasad nabywania, zbywania i obciążania nieruchomości gruntowych,
    b) określanie wysokości sum, do których Zarząd może samodzielnie zaciągać zobowiązania,
    c) decydowanie w sprawach tworzenia, przystępowania, przekształcania oraz likwidacji jednostek organizacyjnych Związku i wyposażania ich w majątek, w tym spółek oraz zasad obejmowania, cofania i zbywania akcji i udziałów w spółkach,
    d) podejmowanie uchwał w sprawie emisji obligacji,
    e) ustalanie maksymalnej wysokości pożyczek i kredytów krótkoterminowych zaciąganych w roku budżetowym,
    f) zaciągania długoterminowych pożyczek i kredytów,
    g) zobowiązań w zakresie inwestycji i remontów, których wartość przekracza granicę ustaloną przez Zgromadzenie,
    h) ustalania maksymalnej wysokości pożyczek i poręczeń udzielanych przez Zarząd w roku budżetowym.
11. Uchwalanie regulaminów organizacyjnych Związku.
12. Realizowanie w ramach Związku kompetencji rady gminy w odniesieniu do zadań zlecanych Związkowi przez administrację rządową,
13. Powoływanie Komisji Rewizyjnej oraz w razie potrzeby doraźnych komisji do określonych zadań.
14. Podejmowanie uchwał w sprawie przyjęcia przez Związek zadań z zakresu administracji rządowej na podstawie zawieranych w tym celu z nią porozumień.
15. Ustalenie wysokości stawek bazowych dla obliczenia, wymienionej w §30 ust.2 pkt 2, składki członkowskiej  oraz  zasad i terminów zapłaty należności wymienionych w §30 ust. 2 pkt 2,3 i 8 Statutu Metropolitalnego Związku Komunikacyjnego Zatoki Gdańskiej.
16. Podjęcie uchwały o rozwiązaniu Związku.
17. Przyjęcie programu likwidacji Związku.
18. Stanowienie w należących do zadań Związku sprawach zastrzeżonych ustawami do kompetencji rad gmin.
19. Reprezentowanie Związku w umowach z członkami Zarządu poprzez wyłonionego w tym celu przedstawiciela.

Uchwały Zgromadzenia podejmowane są bezwzględną większością głosów statutowej liczby członków Zgromadzenia. Każdemu członkowi Zgromadzenia przysługuje jeden głos.