Zarząd Związku powoływany jest przez członków wchodzących w skład Zgromadzenia Związku. Zarząd jest organem wykonawczym Metropolitalnego Związku Komunikacyjnego Zatoki Gdańskiej. W skład Zarządu wchodzą: przewodniczący, jego zastępca i dwu członków. Zarząd jest powoływany spośród członków Zgromadzenia, przy czym jeden z członków Zarządu może być powołany spoza składu Zgromadzenia.

Zarząd wykonuje uchwały Zgromadzenia oraz realizuje wynikające z przepisów prawa kompetencje prezydentów, burmistrzów i wójtów w zakresie zadań przekazanych przez gminy Związkowi. W realizacji zadań własnych Związku Zarząd podlega wyłącznie Zgromadzeniu. Do zadań Zarządu należy w szczególności:

1. przygotowywanie projektów uchwał Zgromadzenia (w tym planu finansowego) i ich wykonywanie;
2. gospodarowanie mieniem Związku w zakresie i na zasadach określonych przez Zgromadzenie;
3. prowadzenie gospodarki finansowej Związku na zasadach określonych ustawą o finansach publicznych;
4. zatrudnianie i zwalnianie kierowników jednostek organizacyjnych Związku;
5. badanie rynku usług lokalnego transportu zbiorowego na poziomie metropolitalnym;
6. prognozowanie i planowanie publicznego transportu zbiorowego w kontekście funkcjonowania biletów metropolitalnych;
7. promocja i udostępnianie informacji o funkcjonowaniu publicznego transportu zbiorowego w kontekście funkcjonowania biletów metropolitalnych

Zarząd podejmuje uchwały zwykłą większością głosów w obecności, co najmniej połowy jego składu statutowego. W przypadku równej ilości głosów decyduje głos Przewodniczącego Zarządu.

Do kompetencji Przewodniczącego Zarządu należy w szczególności:

1. Organizowanie i kierowanie pracą Zarządu i jego biura.
2. Kierowanie bieżącymi sprawami Zarządu.
3. Reprezentowanie Związku na zewnątrz.
4. Nawiązanie i rozwiązanie stosunku pracy z kierownikami jednostek organizacyjnych Związku oraz pozostałymi pracownikami tych jednostek,
5. Wydawanie decyzji w indywidualnych sprawach z zakresu administracji publicznej w zakresie spraw związanych z wykonywaniem zadań przekazanych przez gminy Związkowi.

Przewodniczący Zarządu wykonuje uprawnienia kierownika zakładu pracy i zwierzchnika służbowego w stosunku do pracowników zatrudnionych w Biurze Związku w rozumieniu m.in. postanowień Kodeksu Pracy.